Der Legende von St. Patrick nach, war es eine Quelle an dieser ehemals noch kleinen Holzkapelle außerhalb von Dublin, in der der Heilige Patrick irische Glaubensbekehrte taufte. Nach ihm wurde die Kathedrale dann auch benannt.
Das genaue Baudatum der Kathedrale ist nicht bekannt. Seit dem 5. Jh. gab es an diesem Ort ein kirchliches Gebäude. Verschiedene Baustile veränderten die Kirche, die baulichen Veränderungen sind aber nicht so dokumentiert, dass man die Historie der Kathedrale komplett zurückverfolgen kann. So variieren die Entstehungsdaten von 1190-1225, besonders hervorzuheben sind starke bauliche Veränderungen durch neogotische Einflüsse im 18. Jahrhundert.
St. Patricks Cathedral blickt auf eine wechselvolle Geschichte zurück. An den Gemäuern nagten der zeitliche Verfall, Brände oder auch unsachgemäße Nutzung, z.B. durch Oliver Cromwell, der die Kathedrale während seines Aufenthalts in Irland als seinen Pferdestall nutzte.
Benjamin Guiness, Sohn des Gründers der Guiness-Brauerei Arthur Guiness, bezahlte um 1860 einen Großteil der Renovierungen der Kathedrale. An diese großzügige Tat erinnert eine Statue von Benjamin Guinness vor dem Bauwerk.
